Aunque no existen datos concretos, el Departamento de Investigación, Ciencia y Tecnología (DICYT), que anteriormente funcionaba como dirección, fue creada a fines de 1979 con funciones de coordinación y cooperación interfacultativa para incentivar la investigación científica y tecnológica.
Ya en 1997, en medio de un proceso de transformación y cambio en la Universidad Autónoma Juan Misael Saracho (UAJMS) se revaloriza el papel de la investigación científica y se aprueban los Lineamientos de Política Científica y Tecnológica.
Posteriormente, durante la gestión 2005, se implementa una nueva estructura organizacional con la creación de Secretarías Universitarias, es así que en este contexto, la Dirección de ese entonces se transforma en el Departamento de Investigación Ciencia y Tecnología, dependiente de la Secretaría Académica, tal como ahora viene desarrollando sus funciones.