Fomentar la investigación, innovación y competitividad en la Universidad Autónoma Juan Misael Saracho, promoviendo proyectos innovadores, y útiles a la sociedad; favoreciendo la mejora continua del proceso académico a través de la práctica de la investigación; aplicando, transfiriendo y difundiendo los conocimientos y resultados generados hacia la sociedad para aportar al desarrollo departamental.
Constituirse en una unidad referente y distinguida por la eficiencia e innovación en la gestión y los servicios que proporciona, actuando con liderazgo para promover la mejora continua, pertinencia e importancia del proceso de investigación universitario, de los grupos, redes y los investigadores, que desarrollan sus actividades en la Universidad Autónoma Juan Misael Saracho, lo que incrementa su reconocimiento y visibilidad nacional e internacional.