La Universidad Autónoma Juan Misael Saracho (UAJMS) cuenta con cinco institutos de investigación, que se constituyen en unidades destinadas a la investigación y apoyo al Proceso de Enseñanza Aprendizaje (PEA), por un lado; pero por otro también brindan servicios a la sociedad, desempeñando un papel importante en el aporte al desarrollo departamental y nacional.
Los institutos de Investigación dependen de las Facultades de la UAJMS centrando el desarrollo de sus funciones en el área que atañe a cada una de ellas.
